Kutatásainkat egy olyan területen kezdtük, amellyel kapcsolatban már rendelkeztünk némi ismeretekkel, tehát a kathar vagy más néven albigens mozgalom ill. az ellene a 13. században meghirdetett keresztes háború vizsgálatával. Tudtuk azt, hogy a katharok valamilyen módon szerepet játszottak a Sauniére-t és Rennes-le-Chateau-t övező rejtélyben. A középkorban nagy számban éltek eretnekek a faluban és környékén, amely rendkívül sokat szenvedett a keresztes hadjárat során. A vidék egész történelmét átitatja a kiontott kathar vér, és az ezzel kapcsolatos keserű emlékek a mai napig is elevenen élnek. Az itt élő parasztok közül igen sokan nyíltan bevallják a kathar hit iránti vonzalmukat. Létezik itt egy kathar templom, sőt egy úgynevezett „kathar pápa” is, aki 1978-ig, egészen haláláig Arques falujában élt.
Tudomásunk volt arról, hogy Sauniére nagy alapossággal foglalkozott szülőfaluja környékének történelmével és folklórjával, így nemigen kerülhették el figyelmét a kathar eszmék és hagyományok. Bizonyára tudnia kellett azt is, hogy Rennes-le-Chateau jelentős város volt a 12. és 13. században, sőt a kathar mozgalom egyik fő központja.
Sauniére-nek ismernie kellett a katharokhoz fűződő legendákat, és azokat a híreszteléseket, amelyek a Szent Grált, a mesés kincset a katharok nevével hozták összefüggésbe. Ha Richard Wagner, a Grál után kutatva, valóban felkereste Rennes-le-Chateau-t akkor erről Sauniére-nak mindenképpen tudomást kellett szereznie.
1890-ben, egy Jules Doinel nevű férfi lett Carcassone könyvtárosa, aki megalapította a neo-kathar egyházat. Doinel sok anyagot publikált a kathar eszmékről, és 1896-ban a helyi kulturális szervezet a Carcassonne-i Művészeti és Tudományos Társaság tagja lett. 1898-ban a titkárává választottak. A Társaság tagjai voltak Sauniére köréből jó néhányan, Köztük Henri Boudet abbé, Sauniére legjobb barátja is. Doinel személyes baráti körébe tartozott Emma Calvé is, tehát nagyon valószínű, hogy Doinel és Sauniére ismeretségben álltak egymással.
Van még egy további és igen elgondolkoztató tényező is, amely arra késztet, hogy a katharokat összefüggésbe hozzuk a rennes-le-chateau-i rejtéllyel. Az egyik és legfontosabb, hogy a Sauniére által talált pergamen szövegében nyolc apró betű található elszórva, amelyek szándékosan különböznek a többitől. A betűk közül három az oldal felső, öt betű pedig az alsó részben helyezkedik el. Ha ezeket a betűket sorban egymás után összeolvassuk, akkor a következő két szót kapjuk: „REX MUNDI”. A jellegzetes kathar kifejezést azonnal felismeri bárki, aki hallott a kathar eszmékről.
Ezen tények ismeretében, ésszerűnek tűnt, hogy kutatásainkat a katharoknál kezdjük, ezért alaposan elmerültünk a katharok hitvilágának, hagyományainak és történelmének, valamint életkörülményeinek részletes tanulmányozásában.